劍心、左之助、齋藤跟志志雄十刃的決鬥正式開始！左之助對教授他二重極的恩師．悠久山安慈，齋藤對盲劍宇水。

六人同志跟左之助、彌彥、齋藤他們展開死鬥！人誅策劃人．雪代緣終於來到地面跟劍心激戰。他以中國製的日本刀「倭刀」配合「倭刀術」，以及姐姐被劍心殺掉了的怨念，進行「究極復仇．人誅真意」。

為了要在明治時代復興殺人劍術這個野心，「真古流」的石動雷十太利用最尊敬他的弟子由太郎，並誤傷了他的右手，導致由太郎今後不能再習劍。

這是個時值幕末，舞台位於京都，繼承了飛天御劍流的劊子手拔刀齋，和有著白梅香味道女性的故事。為了下一個時代、子孫的世代，所有生於這個國家的人，都抱著相同的想法互相廝殺。「追憶篇」在此落幕！

大久保利被幕末的亡靈「志志雄真實」所暗殺。劍心為了阻止他要顛覆明治政府的陰謀，跟阿薰道別後便從東海道趕往京都。在途中遇上的女強盜．卷町操，竟認識蒼紫他們，到底她是何方神聖？

就在劍心跌進失意、絕望的谷底之時，被遺下的人們開始了自己的戰鬥。腳步聲和求救聲，在劍心的腦海中，化成了「不論現在、將來，仍然會相信著你的他們，現正等待著你的回歸！」這句話。

志志雄真實的「盜國」計畫終於揭開序幕！劍心憑著他的劊子手經驗，洞悉志志雄的行動，與齋藤、左之助趕往大阪灣，企圖阻止志志雄的駭人計畫「京都大火」！

被仇恨和執念的血霧所包圍的神谷道場中，復仇鬼．雪代緣終於完成了「人誅」！隨著白梅香所引導的前方，劍心崩潰叫喊的地獄圖到底是？「劊子手」的罰是？人誅篇進入高潮！

終於來到「千年王城」京都的緋村劍心，得到京都御庭番眾「老翁」的幫忙尋找兩個人，他們分別是昔日友人，逆刃刀製造者「新井赤空」，以及傳授他飛天御劍流奧義的師父「比古清十郎」！

劍心為了守護現實、現在一起活著的人，他決定手執逆刃刀迎戰人誅最終戰。隨著仲夏祭典的煙花發放，雪代緣所率領的人誅組亦從天而降。最後血戰正式揭開序幕！